Dalam perjalanannya, Timtas Tipikor ternyata hanya mampu merampungkan beberapa kasus saja. Dari 10 kasus dugaan korupsi yang diserahkan Presiden, hanya lima yang berlanjut ke proses pengadilan yakni kasus Jamsostek, kasus Departemen Agama, kasus Petral Pertamina, kasus Gelora Senayan, dan kasus Pupuk Kalimantan Timur. Untuk kasus yang terakhir ini bahkan JPU kalah di PN Jakarta Selatan, walaupun sekarang sedang proses pengajuan kasasi.
Sementara itu, empat kasus yang berasal dari Kementerian Negara BUMN yakni kasus PT Jiwasraya, Bank Mandiri, Bank BRI dan PT PLN masih tersendat pada tahap penyelidikan dan penyidikan. Diluar itu, Timtas Tipikor mencatat prestasi dengan mengungkap sejumlah kasus baru. Misalnya, kasus pemerasan yang dilakukan hakim dan panitera PN Jakarta Selatan terhadap seorang saksi dalam kasus Jamsostek.
Timtas Tipikor juga memperkarakan dua orang jaksa, Cecep Sunarto dan Burdju Ronni yang didakwa melakukan pemerasan terhadap salah satu terdakwa kasus Jamsostek, Achmad Djunaidi. Kasus terakhir yang cukup ramai diberitakan adalah terbongkarnya sejumlah kasus korupsi di Badan Urusan Logistik (Bulog) dengan tersangka kakak-beradik, Widjonarko Puspoyo dan Widjokongko Puspoyo.
Kelemahan Timtas Tipikor
Mengkritisi kiprah Timtas Tipikor, Koordinator ICW Teten Masduki mengatakan Timtas Tipikor memang sudah selayaknya dibubarkan. Dia menilai keberadaan Timtas Tipikor sejauh ini tidak menampakkan hasil yang signifikan dalam upaya pemberantasan korupsi. Kelemahan utama Timtas Tipikor, menurut Teten, terletak pada ketidakmampuannya menggalang koordinasi antar instansi terkait.
Sebagaimana dinyatakan dalam Keppres No. 11 Tahun 2005, pembentukan Timtas Tipikor dimaksudkan untuk menggalang koordinasi dalam rangka upaya pemberantasan tindak pidana korupsi di negeri ini. Instansi yang perlu dikoordinir pun tidak terbatas pada Kejaksaan, Kepolisian dan BPKP, tetapi juga BPK, KPK, PPATK, Komisi Ombudsman Nasional dan instansi pemerintah lainnya.
Fungsi kordinasi yang seharusnya dijalankan Timtas Tipikor selama ini tidak nampak berjalan, tukasnya. Teten justru mengusulkan perlunya dilakukan penguatan kelembagaan, baik itu Kejaksaan, Kepolisian, dan BPKP atau instansi terkait lainnya.
Sependapat dengan Teten, Pengajar Hukum Pidana Universitas Islam Indonesia, Mudzakkir juga menekankan soal penguatan institusi penegak hukum diantaranya melalui spesialisasi personel terkait kasus-kasus korupsi. Sebab, menurut mudzakkir, kasus korupsi tergolong tindak pidana khusus, sehingga diperlukan personil khusus yang cukup terdidik.