Lantaran wanprestasi, Soetomo segera mengambil langkah hukum. Dengan mengajukan permohonan arbitrase ke BANI pada 15 Desember 1999.
Setahun kemudian, BANI memutuskan sengketa, tepatnya 19 September 2000. Putusan BANI nomor 104/XII/ARB/BANI/1999 berisikan, BSU diharuskan mengembalikan uang muka yang dibayarkan Soetomo sebesar Rp57,52 juta. Plus, bunga tiga persen per bulan terhitung terhitung sejak pembatalan kontrak tanggal 20 Juni 1997 sampai 15 Desember 1999. Sehingga, BSU harus merogoh kocek untuk membayar kerudian Soetomo sebesar Rp109,301 juta.
BANI juga menghukum BSU membayar Rp500 ribu per hari selama 30 bulan sebagai ganti rugi atas hilangnya penghasilan Soetomo selaku dokter. Dan, BANI mengharuskan BSU mengganti kerugian immaterial senilai Rp200 juta, jasa pengacara sebesar Rp50 juta, dan biaya arbitrase sebesar Rp88.611.474.
BSU pun menempuh upaya hukum membatalkan putusan BANI ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Pada 5 Desember 2000, pengadilan membatalkan putusan BANI No 104/XII/ARB/BANI/1999. Namun, putusan PN Jaksel dimentahkan kembali oleh Mahkamah Agung pada 10 Juli 2001.
BSU pun harus taat dengan putusan MA. Hanya saja, Soetomo masih tidak puas karena baru mendapatkan ganti rugi sebesar Rp366 juta dari kewajiban Rp3.525.647.739. itu jumlah yang belum dibayar BSU hingga Mei 2002 ditambah denda keterlambatan tiga persen.
Rupanya, tanpa sepengetahuan Soetomo, BSU telah mengajukan permohonan upaya penundaan kewajiban pembayaran utang (PKPU) pada 10 Januari 2003 silam. Permohonan itu dikabulkan Pengadilan Niaga Jakarta.
Kembali, Soetomo gusar. Karena saat proses PKPU tak pernah ada kabar sampai kepadanya. Tak ada pemberitahuan atau diundang pengurus untuk mengikuti rapat kreditor.