Adapun izin yang dimiliki PT CPI, ternyata sudah berakhir dan belum mendapat perpanjangan dari Kementerian Lingkungan Hidup (Kemen LH). Akibat perbuatan Endah yang tidak melaksanakan kewajibannya, hasil pelaksanaan bioremediasi pun tidak berjalan sesuai Kepmen LH No.128 Tahun 2003.
PT SJ dan PT GPI tidak mengikuti tata cara pengolahan tanah terkontaminasi minyak mentah atau Crude Oil Contaminated Soil (COCS) seperti diatur Pasal 2 ayat (3) lampiran II Kepmen LH No.128 Tahun 2003. Keduanya tidak melakukan analisa untuk mengidentifikasi jumlah, jenis, dan sifat mikroorganisme pengurai kontaminan.
Sesuai hasil pengujian sampel yang dilakukan tim ahli bioremediasi, Edison Effendi, Bambang Iswanto, dan Prayitno pada 25 Juli 2012, disimpulkan bahwa kandungan Total Petroleum Hidrokarbon (TPH) dari sampel tanah di SLS Minas 1,73 persen dan di SLN Duri 0,4783-0,5255 persen.
Apabila mengacu pada Kepmen LH No.128 Tahun 2003, tanah di Soil Bioremediation Facility (SBF) PT CPI tidak perlu dilakukan bioremediasi karena kadar TPH tidak lebih dari 15 persen. Lagipula, tidak ditemukan mikroorganisme pendegradasian minyak dan tidak terjadi penurunan TPH setelah 14 hari pada stock pile SLS.
Tanah pada stock pile tidak pernah terkontaminasi minyak, sehingga tidak mungkin dapat berlangsung bioremediasi atau bioremediasi nihil. Namun, PT CPI telah membayarkan masing-masing AS$1,621 juta dan AS$204,066 ribu kepada PT SJ dan PT GPI untuk pekerjaan bioremediasi yang mereka lakukan.
Meski Production Sharing Contract (PSC) BP Migas dan PT CPI mengatur pembebanan biaya bioremediasi melalui cost recovery, biaya-biaya itu telah dimasukkan dalam financial quarterly report (FQR) ke BP Migas. Atas penyimpangan proyek bioremediasi PT CPI sejak 2006-2012, BPKP menghitung kerugian negara AS$9,99 juta.
Majelis hanya menghitung kerugian negara selama Endah menjabat Manajer Lingkungan SLN dan SLS. Kerugian negara yang diakibatkan perbuatan Endah sebesar AS$1,826 miliar. Atas pertimbangan Sudharmawatiningsih dan Antonius, tiga hakim anggota menyatakan beda pendapat.