Sedangkan pelanggaran asas non retroaktif didasarkan pada ketentuan pasal 28 I ayat 1 UUD 1945, putusan Mahkamah Konstitusi No. 013/PUU-I/2003 tanggal 3 Juli 2004 yang telah membatalkan pemberlakuan UU 16/2003 tentang pemberlakuan surut UU 15/2003 pada peristiwa bom bali. Sehingga, undang-undang tersebut tidak mempunyai kekuatan hukum lagi.
Menanggapi eksepsi dari tim penasehat hukum, Salman Maryadi, JPU dalam perkara ini berkeras bahwa dakwaan yang disusunnya sudah jelas. Dakwaan sudah jelas, mengenai pasal 55 KUHP (penyertaan) perbuatan itu tidak harus dilakukan semuanya oleh terdakwa, tapi menjadi satu kesatuan, ujarnya seraya meninggalkan wartawan.
Penagguhan penahanan
Di persidangan, selain mengajukan eksepsi, penasehat hukum Ba'asyir juga mengajukan penangguhan penahanan. Sebab, sejak dibebaskan dari tahanan pada 30 April, Amir Jamaah Islamiyah itu tetap belum bisa merasakan udara kebebasannya.
Namun permohonan ini ditolak, karena majelis berpendapat yang berhak mengajukan penangguhan penahanan adalah terdakwa. Akhirnya Ba'asyir menguasakan permohonan penangguhan itu kepada penasehat tim penasehat hukumnya. Majelis PN Jaksel menyatakan akan mempertimbangkan dahulu permohonan tersebut.
M. Assegaf, tim penasehat hukum Abu Bakar Ba'asyir, menilai dakwaan yang disampaikan Jaksa Penuntut Umum (JPU) mengada-ada. Menurutnya dakwaan ini tak lebih dari sebuah legal fiction.
Assegaf mengatakan dakwaan terhadap Ba'asyir tidak sesuai dengan fakta hukum sebenarnya, dan JPU hanya merangkai beberapa peristiwa yang tidak ada hubungan sama sekali sehingga terlihat memiliki hubungan kausalitas.
Legal fiction adalah fakta yang tidak jelas namun oleh pengadilan fakta tersebut diterima sebagai fakta yang seakan merupakan fakta yang jelas, padahal masih kabur, ujar Assegaf dalam eksepsinya yang dibacakan di auditorium gedung Departemen Pertanian, Jakarta, Kamis (4/11).
Dalam eksepsi setebal 103 halaman, Assegaf menyebutkan bahwa dakwaan JPU tidak sesuai dengan prosedur hukum yang berlaku. Ia juga menyatakan dakwaan ne bis in idem (dakwaan yang sama), melanggar asas retroaktif dan legalitas, serta obscuur libel (dakwaan kabur). Dengan demikian tim kuasa hukum Ba'asyir meminta agar pengadilan menyatakan dakwaan tersebut batal demi hukum.
Mengenai ne bis in idem, tim kuasa hukum menegaskan bahwa dakwaan yang diajukan sama dengan dakwaan dalam perkara yang telah diputus PN Jakarta Pusat. Sehingga mereka berkesimpulan dakwaan ini tidak bisa diajukan kembali ke persidangan.