3. Peristiwa TalangSari, Lampung 1989
Sebanyak 27 orang dilaporkan tewas akibat pembunuhan di luar proses hukum, 5 orang diculik, 78 orang dihilangkan secara paksa, 23 orang ditangkap secara sewenang-wenang, dan 34 orang mengalami pengusiran.
4. Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis di Aceh 1989
Para oknum TNI melakukan penyekapan, penyiksaan, pembunuhan, dan pemerkosaan terhadap rakyat Aceh yang diduga anggota Gerakan Aceh Merdeka di Rumah Geudong.
5. Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa Tahun 1997-1998
Penculikan aktivis 1997-1998 adalah penculikan aktivis pro demokrasi yang terjadi antara Pemilu Legislatif Indonesia 1997 dan jatuhnya Presiden Soeharto pada tahun 1998. Kasus penculikan aktivis ini dilakukan oleh tim khusus bernama Tim Mawar dan terdapat 13 aktivis yang masih hilang hingga saat ini dan 9 aktivis dilepas oleh penculiknya.
6. Peristiwa Kerusuhan Mei 1998
Peristiwa ini memilukan bagi etnis Tionghoa di Indonesia. Toko dan rumah dijarah, dibakar, dan dihancurkan. Pelanggaran HAM berat terjadi juga pada wanita Tionghoa, mereka diperkosa, dilecehkan, dianiya, dan dibunuh. Diperkirakan 1.188 orang tewas dan 85 wanita mengalami pelecehan seksual.
7. Peristiwa Trisakti dan Semanggi 1 dan 2 tahun 1998 dan 1999
Aksi demonstrasi besar-besaran dilakukan oleh berbagai elemen mahasiswa, termasuk Universitas Trisakti. Empat orang mahasiswa tewas tertembak dan satu orang kritis. Pihak aparat membantah telah menggunakan peluru tajam, tetapi hasil autopsi menunjukkan kematian mahasiswa tersebut disebabkan oleh peluru tajam.
8. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet 1998-1999
Pada tahun 1998 Kepolisian Jawa Timur mengumumkan hasil investigasi jumlah korban pembantaian dukun santet di Banyuwangi. Terdapat 85 korban tewas, 3 luka berat, dan 7 luka ringan. Polisi melaporkan telah mengevakuasi 227 orang yang diduga sebagai dukun santet.
9. Peristiwa Simpang KKA di Aceh tahun 1999
Tragedi simpang KKA merenggut setidaknya 46 nyawa warga sipil, 156 mengalami luka tembak, dan 10 orang hilang dalam peristiwa tersebut.