Mengingat sudah ada koordinasi yang dilakukan oleh petinggi lembaga keamanan di Yogyakarta dalam proses pemindahan tahanan itu, Dianto menegaskan banyak hal yang harus diungkap. Jika koordinasi itu sudah dilakukan, Dianto berpendapat mestinya pengamanan yang dilakukan di Lapas Cebongan diperkuat. Ironisnya, hal itu tak terjadi. “Walau mereka tahanan, hak hidupnya harus dijamin,” ujarnya.
Sebagaimana Kompolnas, Koordinator KontraS, Haris Azhar, melihat peristiwa penyerangan di Lapas Cebongan tak berdiri sendiri, tapi terkait beberapa peristiwa lainnya. Misalnya peristiwa pertikaian di Hugo's Cafe. Senada dengan pendapat Dianto, Haris memandang banyak hal yang perlu dilakukan untuk mengungkap kasus Lapas Cebongan. “Peristiwa Hugo's Cafe harus dibongkar, siapa yang punya kepentingan di sana,” ucapnya.
Selain terus mencari pelaku penyerangan, Haris menandaskan, perlu disorot sistem keamanan yang berlaku di Lapas. Serta harus dibongkar bagaimana koordinasi yang dilakukan antar petinggi Polri dan TNI di Yogyakarta dalam pemindahan tahanan ke Lapas Cebongan itu. Bahkan Haris menanyakan apakah pihak terkait sudah menginformasikan perihal kondisi keamanan di Lapas Cebongan kepada Gubernur Yogyakarta, Sri Sultan Hamengkubuwono X.
Haris mengatakan selain pihak Polri dan TNI yang perlu digali keterangannya terkait kewenangan masing-masing di lokasi terjadinya peristiwa baik di Hugo's Cafe dan Lapas Cebongan yaitu Kementerian Hukum dan Ham (Kemenkumham). Pasalnya, Kementerian tersebut yang berwenang mengelola keamanan di Lapas.
Tak ketinggalan, Haris menekankan agar tiap tim investigasi yang dibentuk bermacam lembaga seperti Polri, TNI, Komnas HAM, Kompolnas dan lainnya harus saling berkoordinasi dan bersinergi sesuai fokusnya masing-masing. Misalnya, kepolisian mengungkap tindak pidana, TNI perihal internal dan Komnas HAM terkait pelanggaran HAM berat. Jika hal itu tak dilakukan, Haris khawatir tiap tim akan saling berkompetisi yang berujung tak tuntasnya kasus Lapas Cebongan. “Khawatir bakal berebut barang bukti,” urainya.
Sedangkan pengamat intelijen dan militer, Wawan Purwanto, mengatakan dari pola serangan yang dilakukan, disinyalir bermotif balas dendam. Pasalnya, dari ratusan tahanan yang ada di Lapas Cebongan yang diincar hanya empat orang. Menurutnya, para penyerang mengetahui kondisi Lapas Cebongan, misalnya penyerangan dilakukan pada saat pengamanan di Lapas lemah yaitu dinihari. Bahkan, dari belasan pelaku, empat orang diantaranya mengelabui petugas dan tak menggunakan penutup wajah.
Sejalan dengan itu Wawan berharap pihak kepolisian segera mengumumkan sketsa wajah keempat pelaku yang terlihat wajahnya itu dan pengumpulan bukti lainnya segera dilakukan agar kasus tersebut cepat selesai. Pasalnya, tuntasnya kasus itu bukan hanya ditunggu masyarakat secara nasional tapi juga internasional. Wawan mengaku mendapat telepon dari beberapa negara yang menanyakan kapan kasus itu dapat diungkap. Menurutnya, masyarakat internasional, khususnya yang punya kepentingan atau aset di Indonesia sangat khawatir dengan penyerangan itu. Pasalnya, peristiwa itu terjadi di lokasi yang seharusnya aman.
Sampai saat ini, Wawan enggan untuk menyimpulkan lebih jauh terkait peristiwa tersebut karena banyak hal dasar yang harus diungkap terlebih dulu oleh aparat berwenang, terutama menangkap pelaku. Tapi secara umum, Wawan mengatakan jika sudah dilakukan koordinasi untuk pemindahan tahanan itu, seharusnya pengamanan di Lapas diperkuat. Wawan, mengingatkan dari bermacam tim investigasi yang sudah dibentuk, masyarakat harus mengawalnya secara ketat. Begitu pula dengan media, Wawan mengatakan jurnalis harus mengejar terus upaya pihak berwenang menuntaskan kasus itu. “Harus dikawal terus,” pungkasnya.