Baru pada masa Presiden SBY dikenal pula Staf Khusus Presiden. Pertama kali diatur dalam Perpres No. 40 Tahun 2005 tentang Staf Khusus Presiden. Pengaturan Staf Khusus Presiden ini lebih rinci. Tugas mereka di luar lingkup tugas-tugas dalam susunan organisasi departemen, kementerian, dan instansi pemerintah lainnya.
Ada sembilan bidang kerja termasuk Sekretaris Pribadi Presiden. Selain itu Presiden masih bisa menambah lagi Staf Khusus Presiden dengan sebutan Penasehat Khusus Presiden atau Utusan Khusus Presiden. Hanya Penasehat Khusus Presiden atau Utusan Khusus Presiden saja yang bertanggung jawab langsung kepada Presiden. Selebihnya bertanggung jawab kepada Sekretaris Kabinet.
Hak keuangan dan fasilitas lainnya bagi Staf Khusus Presiden ini paling tinggi setingkat dengan jabatan struktural eselon 1.a. Selanjutnya Perpres No. 40 Tahun 2005 diubah sampai tiga kali dengan Perpres No. 97 Tahun 2007, Perpres No. 9 Tahun 2008, dan Perpres No. 56 Tahun 2008. Sampai akhirnya terbit Perpres No. 3 Tahun 2011 tentang Staf Khusus Presiden dan Staf Khusus Wakil Presiden.
Tidak bertahan lama, terbit Perpres No. 17 Tahun 2012 tentang Utusan Khusus Presiden, Staf Khusus Presiden, dan Staf Khusus Wakil Presiden. Kali ini seluruh hanya tersisa posisi Utusan Khusus dan Staf Khusus. Keduanya juga menjadi posisi terpisah dan kali ini sama-sama bertanggung jawab langsung kepada Presiden.
Uniknya posisi Utusan Khusus diberikan hak keuangan dan fasilitas lainnya yang bisa setingkat Menteri. Padahal tugasnya tidak ditentukan sejelas Staf Khusus. Sementara hak keuangan Staf Khusus masih bertahan paling tinggi setingkat dengan jabatan struktural eselon 1.a.
2. Digaji Rp51 Juta per Bulan
Hak keuangan Staf Khusus Presiden diatur lebih spesifik dengan Perpres No. 144 Tahun 2015 tentang Besaran Hak Keuangan Bagi Staf Khusus Presiden, Staf Khusus Wakil Presiden, Wakil Sekretaris Pribadi Presiden, Asisten, dan Pembantu Asisten. Mulai Januari 2016 mereka mendapatkan hak keuangan sebesar Rp51.000.000 setiap bulan. Hak keuangan bulanan itu adalah pendapatan keseluruhan termasuk di dalamnya gaji dasar, tunjangan kinerja, dan pajak penghasilan.
Ketentuan ini mempertegas berbagai Perpres sebelumnya. Ada nominal yang tegas dibandingkan hanya menyebut hak keuangan Staf Khusus paling tinggi setingkat dengan jabatan struktural eselon 1.a.